La Capitanía del Puerto de Guayaquil nació en los albores de la colonia, cuando el comercio marítimo y fluvial de la época comenzó a extenderse notablemente, especialmente por la explotación de la madera y la construcción de naves, necesarias para facilitar el comercio por estas vías, así como la exportación en gran volumen de productos como el cacao, hicieron florecer al puerto de Guayaquil.

Al inicio, las actividades de la capitanía del puerto fueron concentradas por autoridades civiles locales, para posteriormente encargársele a la Armada del Ecuador, con el propósito de desarrollar un ente naval regulador de las actividades relacionadas con la navegación comercial.

En 1547, un grupo humano de aproximadamente 150 personas al mando del capitán Francisco de Olmos cruzaron en balsas el rio Guayas, desembarcaron en la playa de Piedra de las Peñas de Santiago de Guayaquil para vigilar y protegerse del enemigo. 

En la época colonial de Guayaquil, las funciones de autoridad marítima fueron ejercidas por el corregidor, para luego ser desempeñadas por el gobernador, cuando Guayaquil dejó de ser corregimiento para erigirse en gobierno militar por cédula real del 8 de diciembre de 1762, siendo primer gobernador el teniente coronel don Juan Antonio Celaya y Vergara.

En 1797, en Guayaquil aparece al mando de la capitanía, el capitán de fragata Joaquín Asunsolo.

En mayo de 1804, don José María Cucalón es mencionado como capitán de puerto en una comunicación dirigida a él por el gobernador Cucalón. El teniente de fragata Joaquín Villalva aparece como capitán del puerto desde el 19 de julio de 1811. Villalva permaneció en el cargo hasta el 9 de octubre de 1820, cuando por la mañana al regresar de Puná fue tomado prisionero en la goleta Alcance, teniendo al momento de la transformación de octubre el grado de capitán de fragata.

Después de la revolución de octubre fue designado don Manuel Antonio de Luzarraga y Echezurria como capitán de puerto interino y de las fuerzas sutiles de la provincia libre de Guayaquil.

En cuanto a la edificación de la capitanía del puerto, esta es una de las que se tiene registrada en 1805. Otros historiadores datan su ubicación en otro lugar del mismo malecón, salvándose de las llamas del gran incendio del 5 de octubre de 1896.

 A partir de 1963 con la construcción del puerto marítimo de Guayaquil, la actividad marítima portuaria crece y alcanza más notoriedad la capitanía del puerto como autoridad marítima.

Para 1990, las oficinas de la capitanía del puerto se trasladaron al sur de la ciudad instalándose contigua al puerto marítimo. Actualmente la capitanía del puerto de Guayaquil en coordinación con la Autoridad Marítima Nacional (Dirnea), con las autoridades ambientales, municipales, de hidrocarburos, judiciales, aduaneras, etc., hace uso de su autoridad para el control de las actividades que se realizan en el sector marítimo y fluvial, de su jurisdicción

Para cumplir las actividades operativas y contrarrestar las actividades delictivas, la capitanía de Guayaquil cuenta con ocho retenes navales: Puná, Posorja, Playas, Chongón, La playita, Río Guayas y un puesto de auxilio fluvial frente al terminal terrestre, para ejercer mayor control, apoyo y mantener un alto grado de aceptación del sector pesquero.